Angel Beats! bersetting di dunia setelah kematian, atau lebih sering disebut dunia akhirat. Otonashi adalah seorang cowo yang kehilangan ingatan tentang hidupnya setelah sekarat. Kemudian ia masuk ke sebuah sekolah akhirat, yang berada di pertengahan antara langit dan bumi, dimana para muridnya belajar untuk menerima bahwa mereka masih punya kehidupan sebelum benar-benar pergi ke surga. Otonashi juga bertemu seorang cewe bernama Yuri yang mengajaknya bergabung dengan Shinda Sekai Sensen (死んだ世界戦線) yang disingkat menjadi SSS, sebuah organisasi yang Yuri pimpin dimana mereka bertarung dengan Tuhan. Dewan sekolah atau OSIS di sekolah itu, dipimpin oleh seorang gadis bernama Tenshi, yang bertarung melawan SSS.
