Museum Sonobudoyo, museum negeri provinsi, Unit I di Jl. Trikora (lokasi), Alun-alun Lor Keraton Yogyakarta dan Unit II di Dalem Condrokiranan, Jl. Wijilan, Kota Yogyakarta.
Museum Affandi di Jalan Solo (lokasi)
Museum Wayang Kekayon atau di Jalan Wonosari Km 7, Yogyakarta, (lokasi).
Museum Ullen Sentalu di Jl Boyong, Pakem
Museum Pusat TNI AU "Dirgantara Mandala" di Lanud Adisucipto
Museum Seni Lukis Kontemporer Nyoman Gunarsa di Jl. Wulung, Papringan, Depok, Sleman.
Museum Benteng Vredeburg di Jl. Ahmad Yani, (lokasi)
Museum/Monumen Pahlawan Pancasila, Kentungan, Condongcatur, Sleman.
Museum Keraton Ngayogyakarta dan Museum Kereta di dalam kraton Yogyakarta
Museum Puro Pakualaman di Jl Sultan Agung, Yogyakarta.
Museum Batik Yogyakarta di Jl. Dr. Sutomo, Yogyakarta.
Museum Dewantara Kirti Griya di Jl. Taman Siswa 31, Yogyakarta.
Museum Monumen Pangeran Diponegoro "Sasana Wiratama" di Jl. HOS. Cokroaminoto, Tegalrejo, Yogyakarta. (lokasi)
Museum Pergerakan Wanita, Kompleks Mandala Bhakti Wanitatama, Jl. Laksda Adisutjipto No. 88, Yogyakarta.
Museum Perjuangan Yogyakarta, Jl. Kolonel Sugiono No. 24, Yogyakarta.
Museum Pusat TNI AD "Dharma Wiratama", Jl. Jend. Sudirman No. 75, Yogyakarta.
Museum Sasmitaloka Panglima Besar (Pangsar) Jenderal Sudirman, Jl. Bintaran Wetan No. 3, Yogyakarta.
Museum Monumen Yogya Kembali, Jongkang, Sariharjo, Ngaglik, Sleman.
Museum Batik Yogyakarta, di Jl. Dr. Sutomo 13 A Yogyakarta
Museum Tembi (Rumah Budaya Tembi), Jl. Parangtritis Km 8,4, Bantul.
Museum Biologi UGM, Jalan Sultan Agung No. 22, Yogyakarta.
Museum Geoteknologi Mineral, kompleks Universitas Pembangunan Nasional "Veteran" di Jl. Babarsari No. 2, Tambakbayan, Yogyakarta.
Museum Kayu Wanagama, Desa Bunder, Kec. Playen, Gunungkidul.
Museum Kebun Raya Gembiraloka, Jl. Kebunraya, Yogyakarta.
Museum R.S. Mata "Dr. Yap", Jl. Cik Di Tiro No. 5, Yogyakarta.
Museum Candi Prambanan, Kompleks Taman Wisata Candi Prambanan, Sleman.
Museum Batik "Ciptowening", Imogiri, Bantul.
Museum Anak "Kolong Tangga", Teras lantai II, Taman Budaya Yogyakarta, Jl. Sriwedani, Yogyakarta.
Museum Karbol TNI Angkatan Udara. Kompleks AAU
Museum Tani, Bantul.
Museum Sandi, Jl. Kolonel Sugiyono, No 24, Yogyakarta, Gedung Museum Perjuangan Yogyakarta (Lantai II)